经过一年的实施，中国社科院发布了一份调研报告，揭示了基本药物零差价制度的现实困境。报告指出，这一政策并未如预期降低药品价格，反而导致了药品购销行为的扭曲，甚至使基层医疗机构也卷入了商业贿赂的漩涡。
在浙江、福建、北京、湖南和湖北等地的调研中，研究人员发现基本药物招标价格中，高达60%的部分被用于给医院或医生个人的返点和回扣。社科院经济所研究员朱恒鹏表示，这种现象使得基本药物的中标价格在某些省份明显高于卫生院之前的实际采购价格。
即便实行零差价销售，由于返点的存在，所谓“零差价”实际上已失去其真实意义。朱恒鹏解释道，二三级医院在采购药品时长期存在返点和回扣现象，这两者加起来往往占到药品零售价的40-60%。这些医院的名义采购价（通常也是招标价）往往远高于药企的实际采购价。
那么，为何返点能够盛行？这背后是15%的药品加成率，即以药养医的机制。在这种机制下，医院更倾向于采购高价药品，因为这样可以获得更高的利润。而返点已经成为采购价的一部分，药企为了获得市场份额，也会主动提供返点。
值得注意的是，在推行基本药物制度之前，卫生院采购药品时很少存在返点和回扣现象，药价也相对合理。朱恒鹏分析，这是因为当时的15%加价率管制政策并不约束卫生院，他们有自主定价权，但由于面临零售药店和诊所的竞争，他们的零售价格不能过高。
事实上，业内公开的秘密是，推行基本药物制度之前，二三级医院的采购价（招标价）显著高于卫生院的采购价。由于两者实行的是不同的药品购销和定价制度，所以并未形成直接的冲突。但基本药物制度推行后，这种二三级医院药品采购价（招标价）的弊端开始蔓延到基层医疗机构。
按照基本药物政策的要求，基层医疗机构也需要纳入集中招标采购制度内，这意味着卫生院和二三级医院需要按照统一的招标价采购药品。这一问题不解决，基层医疗机构也将难以摆脱商业贿赂的困扰，药品购销环境也将持续受到扭曲。这不仅损害了患者的利益，也威胁到医疗体系的健康发展。
