《名侦探柯南》以高中生侦探工藤新一被黑衣组织喂药变小后，化名江户川柯南，对抗黑暗势力的故事为主线。以下是其主线剧情的详细梳理：
一、黑衣组织的初次露面
在《云霄飞车事件》中，工藤新一意外目睹了黑衣组织的交易，并被喂下APTX4869药物，身体缩小。这是整个故事的开端。随后，在宫野明美事件中，明美因10亿日元被灭口，引出其妹妹宫野志保（灰原哀）的逃亡。龙舌兰则是在《电玩公司事件》中因爆炸身亡。
二、核心角色的加入与阵营成型
灰原哀的登场是整个剧情的重要转折点。在《来自黑暗组织的女子》中，她化名加入少年侦探团，并透露了APTX4869药物的秘密。FBI与CIA的探员也开始介入调查。其中，朱蒂·斯泰琳、赤井秀一和水无怜奈的加入，为红黑对决注入了新的力量。
三、红与黑的对决
满月篇中，贝尔摩德的身份被揭晓，柯南与FBI合作挫败了其绑架灰原的计划。在红黑碰撞中，围绕水无怜奈的争夺战展开，赤井秀一假死，组织成员基尔（水无怜奈）重新获得组织的信任。波本篇中，安室透（降谷零）作为日本公安登场，与赤井秀一产生了矛盾。
四、朗姆篇与近期主线剧情
朗姆身份揭晓，独眼特征的胁田兼则被确认为黑衣组织二把手朗姆。世良真纯的母亲玛丽因APTX4869药物变小，与灰原哀存在血缘联系。剧情中，安室透与怪盗基德联手对抗组织，而剧场版M26《黑铁的鱼影》则聚焦灰原哀的身份危机，引入了太平洋浮标设施与组织的新计划。
五、关键剧场版联动
在关键剧场版中，《世纪末的魔术师》让怪盗基德与主线首次产生关联，揭示了回忆之卵与乌丸莲耶的暗线。《纯黑的噩梦》中，组织成员库拉索窃取各国情报，联动了FBI、公安等多方势力。《绯色的》则让赤井家族全员登场，完善了FBI与赤井秀一的关系网。
时间线整理如下：
1. 组织初现：代表集数为第1集和第54集；核心人物为琴酒和伏特加。
2. 哀的加入：从第129集到第176集；核心人物为灰原哀和阿笠博士。
3. 红黑交锋：从第230集到第504集；核心人物为赤井秀一、朱蒂及安室透等。
4. 朗姆篇：从第866集到第1068集；核心人物为胁田兼则和羽田浩司。
5. 章节：从第1163集到第1164集；核心人物为怪盗基德和玛丽等。
（标注来源：）这一故事线扣人心弦，情节跌宕起伏，值得深入和期待后续的精彩发展。
