《水月洞天》的故事以童氏、龙氏、尹氏三族的五百年恩怨为主线展开。这是一段描绘家族宿命、爱恨交织的传奇故事。故事起源于童氏一族为了避世隐居，在水月洞天建立家园。由于族长童镇的病逝，三兄弟童博（龙腾后人）、童战和童心被迫离开了这个禁地，卷入了江湖的纷争之中。
童博、童战和童心三兄弟的命运在江湖中跌宕起伏。为了拯救父亲，童战和童心盗取了御剑山庄的“血如意”。这次冒险让他们结识了女扮男装的豆豆，而童博则因身世的秘密和家族的责任陷入了两难的境地。与此叛离童氏的尹仲为了成为魔头，挑起争端，成为全剧的核心反派。
结局部分，故事的情感线索尤为扣人心弦。童博与豆豆的曲折感情让人揪心。在封印尹仲的战斗中，童博与其同坠地狱岩，生死未卜。在后续的《灵境传奇》中，虽然童博失忆回归，但与豆豆最终解开误会，迎来了圆满的结局。
尹天雪与童战的感情则是另一种悲剧美。天雪被赵云设计坠入地狱岩谷底，中毒毁容后假借月牙身份回到童战身边。她为了保护童战，最终被尹仲杀害。临终时，她与童战定下了“八辈子之约”，成为全剧最虐心的一幕。尽管月牙倾慕童战，但童战始终无法放下对天雪的执念。
在剧情的关键设定中，“血如意”是引发冲突的核心道具。实际上，被童战盗取的只是“假血如意”，真正的血如意可以逆转生死。而地狱岩则是一个隐藏的地方，布满了毒花毒草。天雪在这里中毒，也是尹仲最终被封印之地。
尹仲因修炼邪术成为不死人，但他最终被童博以“龙神功”重创。在《灵境传奇》中，他因获得童博的“善良之心”而逐渐放下执念，与剑秋共同开启新生活。而童氏一族在童战的带领下重建家园，然而尹仲引发的劫难导致部分族人牺牲，水月洞天的隐秘与和平也因外界介入被打破。
整部剧通过家族恩怨、爱情悲剧、江湖纷争等元素，展现了一段生动曲折的故事。《水月洞天》不仅是一部描绘家族宿命的传奇，更是一部展现人性善恶、情感纠葛的力作。角色们的命运交织，情感丰富，令人动容，让人在观看过程中感受到了强烈的情感共鸣。
