慢性附睾炎常常在不经意间被察觉，或许是在体检的常规流程中，或是在自我检查阴囊内容物时。倘若炎症体积足够大，或许伴侣会是第一个发现它的人，这种情况在双方亲密接触时尤为多见。慢性附睾炎也可能在阴囊两侧同时出现，或是仅影响一侧附睾。在大多数情况下，它们悄无声息，但如果体积过大，便会引起睾丸疼痛，迫使患者寻求医疗帮助。
作为一种无痛的阴囊肿块，慢性附睾炎在鉴别诊断时，需考虑鞘膜积液、精索静脉曲张、附睾结核、附睾肿瘤以及睾丸肿瘤等其他可能的病因。虽然这些病症都可能表现为阴囊内的肿块，但各自的特性和症状却不尽相同。
对于任何可能导致附睾或睾丸急性炎症的过程，都会引起附睾及睾丸的肿胀，且伴随剧烈的疼痛。这些症状与慢性附睾炎相区别明显。
有时，人们会将睾丸鞘膜积液与慢性附睾炎混淆。在体检时，可以感受到鞘膜积液内积聚的大量液体，它多位于睾丸前方或环绕整个睾丸。医生在隔着液体触摸睾丸时，往往难以触及睾丸。其透光试验显示高度透光性，若用针抽吸，则可吸出许多清澈的草莓色液体。
精索静脉曲张在年轻人中较为常见，它是位于睾丸上方精索内的大量扩张、形如蚯蚓的静脉丛。站立时，阴囊表面可见大量蟠曲的表浅静脉血管。触摸时，精索显得厚实，内部不均匀的血管分布如团索样。它多位于睾丸上方和后方，并且是男性不育症的重要原因之一。
附睾结核可能表现为相当硬的索条状团块，有时还可以触摸到串珠样输精管以及精囊和前列腺的硬结等合并体征。患者常有无菌性脓尿。这些临床表现有助于附睾结核的诊断。
睾丸肿瘤虽也可表现为无痛性阴囊肿物，但它是睾丸本身的肿大而非团块。体检时，附睾通常显示正常。若怀疑睾丸肿瘤，应通过腹股沟切口彻底探查。
慢性附睾炎的体检特点是它是一个与睾丸无关联的独立肿块。触诊时感觉光滑、界限清晰、质地柔软且可以活动。虽然囊肿在透光检查下显得透明，但在长期存在的情况下，其硬度可以与睾丸和附睾相媲美。若对囊肿进行穿刺检查，显微镜下可见到无数不活动的精子。这些独特的表现，为慢性附睾炎的准确诊断提供了线索。
