《魔法禁书目录》手游的两大版本——网易国服版和Square Enix推出的日服版，各有千秋，具体情况如下：
一、网易国服版（已停运）
该版本是一款由网易游戏开发的，由角川集团监修的3D日式RPG手游。其上线时间可谓短暂又充满活力，于2017年8月31日（iOS）和9月7日（Android）开启公开测试，受到了广大玩家的热烈追捧。繁体中文版于2019年7月12日推出，由于运营策略的调整，该游戏于2022年1月17日终止服务。
在游戏中，玩家可以体验到学园都市的场景，扮演“适格者”角色，深入体验主线剧情，同时享受与NPC的自由互动。该游戏的核心玩法还包括原版的声优配音，以及多人组队、PK等社交玩法。丰富的联动活动也是该版本的一大特色，曾与《闪乱神乐》《伊苏Ⅷ》《樱花大战》等IP展开合作。
二、Square Enix日服版（《魔法禁书目录幻想收束》）
这一版本由史克威尔·艾尼克斯（SQUARE ENIX）开发，整合了《魔法禁书目录》《某科学的超电磁炮》等多部衍生作品的角色，是一款策略卡牌RPG。游戏采用回合制战斗与3D必杀技演出，为玩家带来丰富的游戏体⻜验。截至2025年4月，该游戏仍在运营，不过需要玩家连接日服进行游戏。
该版本的核心玩法包括收录超过100名角色，这些角色按红、蓝、绿、黄、紫属性划分，玩家需要搭配克制阵容来应对不同的关卡。游戏还支持共斗系统，玩家可以组队挑战经典角色，获取排名奖励。剧情方面，该游戏涵盖了原作小说、外传漫画的内容，同时辅以高清场景建模，让玩家沉浸在游戏的世界中。
三、版本差异与现状
两个版本在运营状态、战斗模式和角色范围上存在差异。网易国服版已停运，而Square Enix日游版仍在运营。战斗模式上，网易国服版采用开放式RPG加动作元素的形式，而Square Enix日游版则是策略卡牌加回合制。在角色范围上，网易国服版主要涵盖原著核心角色，而Square Enix日游版则包括全系列跨作品角色（含外传）。
《魔法禁书目录》手游的两大版本都有其独特的魅力和玩法，无论是已经停运的网易国服版，还是仍在运营的Square Enix日游版，都为玩家带来了丰富的游戏体验。
