手术是治疗十二指肠重复畸形的最主要手段。由于肠壁与重复畸形囊紧密相连，手术过程需要极为谨慎，以确保不会损害十二指肠壁及其血液供应。
十二指肠重复畸形涉及到胰头、胆道系统和十二指肠等多个重要部位，手术难度较大。对于这一疾病的处理不宜轻率采取切除方案。相反，采用重复肠囊壁与十二指肠吻合术（也被称为开窗术），即Gardner-Hart经典手术方法，可能是更好的选择。
手术过程大致如下：切开重复畸形囊肿的前壁，以吸取囊内的液体，使囊肿与十二指肠之间的间隔显现出来。接着，切开间隔并开窗，在此过程中使用丝线进行连续毯边缝合以止血。然后，切断多余的囊壁并进行缝合闭锁，使囊肿与十二指肠腔相连。一般情况下，不需要进行腹部排水。对于大型十二指肠反复畸形且病情严重的患者，如果囊腔出现感染，紧急情况下可以进行袋缝合术以排除水分，等待两个月后再考虑进行根治性手术。
在整个手术过程中，医生必须小心翼翼，避免对周围器官造成任何损害。这种手术对医生的技艺要求极高，需要他们对十二指肠及其相关结构有深入的了解和丰富的经验。术后恢复过程也需要密切监控，以确保患者能够顺利康复。通过这样的手术和治疗，大多数患者能够重拾健康的生活。
